أصدر الرئيس محمد مرسي عدة قرارات حاول من خلالها انتزاع الأجهزة الأمنية والرقابية من براثن الدولة العميقة والاعتماد على شخصيات غير ملوثة ومحترمة مجتمعياً، ولبعضها تاريخ مهني محترم.
ففي أغسطس 2012 عين الرئيس اللواء محمد رأفت شحاتة مديراً للاستخبارات العامة، وقد كان مسؤولاً قبلها عن التعامل مع الملف الفلسطيني الإسرائيلي ومشرفاً على الوساطة المصرية بين الطرفين.
وفي سبتمبر من العام ذاته، عيّن رمز تيار الاستقلال القضائي المستشار هشام جنينة رئيساً للجهاز المركزي للمحاسبات، وأعطاه الضوء الأخضر لتفعيل دور الجهاز الرقابي على جميع مؤسسات الدولة دون استثناء وكشف مواطن الفساد.